Ш.А. Худайбердин родился в 1896 году в деревне Псянчино (ныне – Худайбердино) Кугарчинского района Башкортостана.
Осенью 1909 года был принят в медресе «Хусания» в Оренбурге, но за участие в забастовке против администрации медресе в 1914 году был исключен.
Летом 1914 года Ш.Худайбердин, получив звание ротного фельдшера, направляется на германский фронт. Был ранен и вернулся в родные края.
После Февральской революции 1917 года начинается общественная и политическая деятельность Ш.Худайбердина: он член исполкома, заведующий культурно – просветительным отделом, член комиссии по библиотечному делу, член редколлегии газеты «Солдат теляге» (Желание солдата).
Когда Уфа была освобождена от белогвардейцев, Ш. Худайбердина назначают членом временного губернского ревкома, а затем председателем БашЦИКА (1921 г.), секретарем башкирского обкома РКП (б) (1921 – 1922 г.), наркомом внутренних дел Башкирии (1923 – 1924г.), заместителем председателя Совета Народных Комиссаров Башкирии (1924 г.).
Как делегат Х съезда РКП (б) принимал участие в ликвидации Кронш- тадского мятежа, где был ранен и контужен. Умер Ш. А. Худайбердин в 1924 году. Похоронен в городе Уфе.
С 1917 по 1924 год он опубликовал в газетах, издававшихся на фронтах гражданской войны и в Башкирии, более трёх десятков рассказов, стихотворений, публицистических статей произведений мемуарного плана.
Книга «У могилы товарища Шагита Худайбердина», изданная в 1925 году и включавшая в себя некоторые его сочинения, давно стала библиографической редкостью.